２００１年６月１５日，上合组织成员国元首理事会首次会议在中国上海举行。会上，六国元首签署了《上海合作组织成立宣言》，宣告上合组织正式成立。

    ２００２年６月７日，元首理事会第二次会议在俄罗斯圣彼得堡举行。六国元首签署《上海合作组织宪章》《关于地区反恐怖机构的协定》《上海合作组织成员国元首宣言》等三个重要文件，为上合组织的机制化和法律化建设奠定了基础。

2003年5月29日，上海合作组织成员国元首在莫斯科举行第三次会晤。

    ２００３年５月２９日，元首理事会第三次会议在莫斯科举行。会上，六国元首讨论了在新形势下如何抓住机遇、应对挑战、加强协调、扩大合作、促进地区和平与发展等重大问题，并达成广泛共识。六国元首还签署了《上海合作组织成员国元首宣言》。

2004年6月17日，上合组织峰会在乌兹别克斯坦首都塔什干召开，这是六个成员国元首和阿富汗过渡政府总统卡尔扎伊合影。

    ２００４年６月１７日，元首理事会第四次会议在乌兹别克斯坦首都塔什干举行。六国元首正式启动上海合作组织地区反恐怖机构，签署、批准了《塔什干宣言》、反毒合作协议等多份重要文件，并决定采取新举措，推进安全和经济方面的务实合作，建立成员国外交部间协作机制等。塔什干峰会标志着成立三年的上合组织正式结束初创阶段，进入了全面发展的新时期。会上，蒙古国被吸收为上合组织观察员。

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