2005年1月9日，在肯尼亚首都内罗毕， 苏丹第一副总统塔哈（左）与苏丹南部 反政府武装苏丹人民解放运动主席加朗（右）在签署协议后握手。苏丹政府和 苏丹人民解放运动当天在内罗毕签署最终全面和平协议，这标志着非洲大陆持续 时间最长的苏丹南部内战正式宣告结束

    自２０世纪５０年代中期以来，苏丹南北方因在民族、宗教、文化和政治等方面存在差异，苏丹南北双方矛盾不断激化，并引发了两次内战。

    １９５５年，苏丹第一次内战爆发。１９７２年３月，苏丹政府与南方代表签订协议，持续１７年之久的内战结束，南方实行自治。２０世纪８０年代初，苏丹总统尼迈里在全国实行伊斯兰法，引起南方人的强烈抗议。为反对政府在全国实行伊斯兰法，以约翰·加朗为首的一些南方官兵１９８３年５月发动兵变，成立“苏丹人民解放军”，开始从事武力推翻政府的活动，并引发了迄今未止的第二次内战。

    苏丹第二次内战是非洲大陆持续时间最长的内战之一，已造成２００多万人丧生，４００万人流离失所。长期的武装冲突和政治动乱使苏丹经济遭受沉重打击，苏丹成为世界上最贫穷的国家之一。

    巴希尔政府１９８９年上台以来，重视解决南方问题，作出了只在北方实施伊斯兰法和在苏丹实施联邦制等有利于国家统一的决议。但是，以加朗为代表的南方势力却坚持要在南部实行民族自决，建立一个政教分离的国家。苏丹交战双方在东非政府间发展组织（伊加特）的斡旋下，于１９９４年开始和谈，但历经数载，终无结果。

    ２００２年７月２０日，在国际社会的斡旋下，苏丹政府和加朗集团在肯尼亚首都内罗毕举行和谈，双方在南方实行民族自决、确定宗教和国家关系及维护国家统一等重要问题上达成一致，并签署了和平协议。７月２７日，巴希尔总统同加朗在乌干达首都坎帕拉举行了首次直接会谈。

    ２００３年９月，苏丹政府和加朗集团就未来６年过渡时期内的军事安排达成协议。

    ２００４年１月，苏丹政府和加朗集团在内罗毕就财富分配问题达成协议。５月２６日，双方又在国家权力分配等问题上达成协议。６月５日，苏丹第一副总统塔哈与加朗在内罗毕签署了《苏丹和平内罗毕宣言》，宣布苏丹和谈的最后阶段正式开始。１１月１９日，联合国安理会苏丹问题特别会议一致通过第１５７４号决议，鼓励苏丹政府与南部反政府武装苏丹人民解放运动于年底达成全面和平协议。１２月３１日，苏丹政府和苏丹人民解放运动在肯尼亚中部的奈瓦沙签署了永久性停火协议和全面和平协议的执行步骤协议，从而为双方最终签署全面和平协议并结束长达２１年的内战铺平了道路。

    ２００５年１月９日，苏丹政府和苏丹人民解放运动在肯尼亚首都内罗毕签署全面和平协议，这是为结束非洲大陆持续时间最长的苏丹内战迈出的坚实一步。全面和平协议不涉及苏丹西部的达尔富尔冲突。苏丹政府和苏丹人民解放运动均表示，协议签署后，双方将努力促成达尔富尔问题的尽快解决，从而实现苏丹的全面和平。

    ２００５年１２月２７日，苏丹南部主要政治组织苏丹人民解放运动７名成员在喀土穆宣誓就任苏丹民族团结政府部长，这标志着持续两个半月的苏丹政治危机已经结束。

    ２００８年１月９日，隶属苏丹政府的最后一支军队从苏丹南部瓦赫达州撤至苏丹北南分界线以北地区，这标志着苏丹政府完成了从南部地区撤出其全部军队的工作。根据《全面和平协议》，在苏丹政府和苏丹人民解放运动分别从北南分界线以南和以北地区撤出军队之后，分界线以北所有地区的防务由苏丹政府军负责，而位于分界线以南的油田等战略要地的防务由联合军队负责，其他地区的防务则由苏丹人民解放运动军队负责。