成立于２００１年的上海合作组织 的机构包括会议机制和常设机构两部分。

    （一）国家元首会议。 系上海合作组织最高机构。主要职能是：确定组织活动的优先领域和基本方向；决定组织内部结构设置和运作的原则问题；决定组织与其他国家及国际组织相互协作的原则问题；研究迫切的国际问题。元首会议例会每年一次，由各成员国按国名俄文字母顺序轮流举行。元首会议例会主办国为组织轮值主席国。现任主席国为乌兹别克斯坦。

    （二）政府首脑（总理）会议。 主要职能是：通过组织预算；研究和决定组织框架内具体领域，特别是经济领域合作的主要问题。总理会议例会每年一次。 　　上海合作组织（上合组织）　　上海合作组织成员国总理会议

    （三）外长会议。 主要职能是：研究解决组织当前活动的重要问题，包括筹备元首会议，落实组织的决定，就国际问题举行磋商。外长会议例会每年安排在元首会议例会前一个月举行。举办元首会议例会的成员国外长担任外长会议主席，可代表组织开展对外交往。

    （四）各部门领导人会议。 主要职能是：研究和解决在各专业领域开展合作的具体问题。目前，已建立起总检察长、国防部长、经贸部长、交通部长、文化部长及执法安全、紧急救灾等部门领导人的会议机制。

2004年1月15日，上海合作组织秘书处成立仪式在北京隆重举行。

    （五）国家协调员理事会。 系上海合作组织日常活动的协调和管理机构。理事会会议每年至少举行三次。理事会主席由元首会议例会举办国国家协调员担任，经外长会议主席授权，可对外代表组织。

    （六）秘书处。 系上海合作组织常设行政机构，设在北京，２００４年１月成立。主要职能是：为组织活动提供组织、技术保障；参与组织各机构文件的研究和落实；就编制组织年度预算提出建议。秘书长由元首会议任命，由各成员国按国名的俄文字母顺序轮流担任，任期三年，不得连任。首任秘书长为张德广。现任秘书长是哈萨克斯坦的博拉特·努尔加利耶夫，２００７年１月任职。

    （七）地区反恐怖机构。 系上海合作组织常设机构，总部设在乌兹别克斯坦首都塔什干，２００４年６月正式启动。关于成立地区反恐机构的协定是２００２年６月在上海合作组织圣彼得堡峰会上签署的。主要任务和职能包括：就打击恐怖主义、分裂主义、极端主义与本组织成员国主管机关及国际组织保持工作联系，加强协调；参与准备打击恐怖主义、分裂主义和极端主义问题的国际法律文件草案，与联合国安理会及其反恐委员会、国际和地区组织共同致力于建立应对全球性挑战与威胁的有效反应机制；收集和分析成员国提供的有关打击恐怖主义、分裂主义和极端主义的信息等。它具有独立的法人地位，拥有签定协议、开设银行账户、拥有动产和不动产等权力。地区反恐怖机构由理事会和执委会组成。理事会由成员国主管机关领导人组成，是反恐机构的决策和领导机关。执委会主任由元首会议任命。首任执委会主任为维·捷·卡西莫夫（乌兹别克斯坦公民）。

　　　上海合作组织历次峰会　　上海合作组织11年发展回眸　　上海合作组织宪章

　　上海合作组织成员国元首关于构建持久和平、共同繁荣地区的宣言(全文)