截至２００３年底，参加《科托努协定》的国家共有９３个。其中，欧洲联盟１５国：爱尔兰、比利时、丹麦、德国、法国、荷兰、卢森堡、葡萄牙、西班牙、希腊、意大利、英国、奥地利、芬兰、瑞典。

    非加太集团７８国，其中非洲地区４８国：埃塞俄比亚、安哥拉、贝宁、博茨瓦纳、布基纳法索、布隆迪、赤道几内亚、多哥、厄立特里亚、佛得角、冈比亚、刚果（布）、刚果（金）、吉布提、几内亚、几内亚比绍、加纳、加蓬、津巴布韦、喀麦隆、科摩罗、科特迪瓦、肯尼亚、莱索托、利比里亚、卢旺达、马达加斯加、马拉维、马里、毛里塔尼亚、毛里求斯、莫桑比克、纳米比亚、南非、尼日尔、尼日利亚、塞拉利昂、塞内加尔、塞舌尔、圣多美和普林西比、斯威士兰、苏丹、索马里、坦桑尼亚、乌干达、赞比亚、乍得、中非；加勒比地区15国：安提瓜和巴布达、巴巴多斯、巴哈马、伯利兹、多米尼加、多米尼克、格林纳达、圭亚那、圣基茨和尼维斯联邦、圣卢西亚、圣文森特和格林纳丁斯、苏里南、特立尼达和多巴哥、牙买加、海地；

    太平洋地区１５国：巴布亚新几内亚、斐济、基里巴斯、所罗门群岛、汤加、图瓦卢、瓦努阿图、萨摩亚、马绍尔群岛、库克群岛、瑙鲁、帕劳、纽埃、密克罗尼西亚、东帝汶。

    此外，古巴于２００３年５月成为该协定的观察员国。

    【组织机构 】

    （1）部长理事会 (Council of Ministers)：由每个协定签字国派出一名部长组成。设共同主席两名，由欧盟和非加太集团双方各派一人担任。理事会每年召开一次例会。理事会秘书处设在比利时首都布鲁塞尔。

    （2）使节委员会 (Committee of Ambassadors ）：由各签字国派出的大使组成，主席由欧盟和非加太集团双方分别派员轮流担任。委员会每半年至少召开一次会议。

    （3）联席会议 (Joint Assembly)：非加太集团成员国各派一名代表出席，欧洲议会则派出与前者数目相等的代表与会。共同主席由欧盟和非加太集团双方各派一人组成。联席会议一年召开两次。

    （4）联合议员大会 (Joint Parliamentary Assembly)：由数量相等的欧洲议会议员和非加太集团各成员国议员或议会指定代表组成，双方各自选派１３人组成总务委员会，其中双方各派一人担任共同主席，其余２４人为副主席。大会每年召开两次，部长理事会成员出席大会。总务委员会或部长理事会可以提议召开特别会议。大会下设三个委员会：政治委员会；经济发展、财政和贸易委员会；社会事务和环境委员会。

    （5）工业发展中心：设在布鲁塞尔，负责推动对非加太集团成员国的投资。

    （6）农业及农村合作技术中心：设在荷兰的瓦赫宁恩，负责向非加太集团成员国提供农业及其有关领域的信息、调研及培训。