２０００年９月，巴以爆发大规模流血冲突后，以色列在不断对巴自治区实施大规模军事打击的同时，把矛头直接指向巴解组织领导人阿拉法特。

    ２００１年１２月３日，以色列入侵约旦河西岸巴控城市拉姆安拉，将阿拉法特“围困”在官邸中。随后，以色列宣布阿拉法特领导的巴民族权力机构为“支持恐怖主义的实体”，并决定断绝同阿拉法特的联系。以内阁２２日决定，禁止阿拉法特离开拉姆安拉前往伯利恒参加圣诞节庆祝活动。从此，阿拉法特被“软禁”在官邸内达两个多月之久。

    在国际社会的呼吁下，以政府２００２年２月２４日决定部分解除对阿拉法特的封锁，允许他在拉姆安拉城内行动，但不许离开拉姆安拉。３月１１日，以宣布放宽对阿拉法特行动自由的限制，允许其在巴自治区内活动，但出境仍受到以方的严格限制。３月底，以境内发生自杀性爆炸事件，以色列随即宣布将阿拉法特视为“敌人”，决定对其采取“绝对孤立”政策。以色列还以打击“恐怖主义”为由，大举入侵拉姆安拉，再次将阿拉法特围困在官邸内，并断水、断电达一个月之久。９月１９日，在以色列城市特拉维夫连续发生两起自杀性爆炸事件后，以军队再次围困阿拉法特的官邸，并动用装甲车将官邸内的绝大部分建筑物摧毁。在国际舆论的压力下，以军９月２９日被迫从官邸周围撤军。但阿拉法特从此再没有迈出拉姆安拉一步。

    以色列政府一再指责阿拉法特是恐怖主义的"幕后主使"，拒绝与阿拉法特接触，并多次表示阿拉法特退出决策层是以巴恢复和谈的前提之一。在巴以和平进程中起着主导作用的美国，也对巴领导机构表示不满。２００２年６月，美总统布什表示“巴勒斯坦必须更换领导人”。

    ２００３年以来，在美国的的压力下，巴民族权力机构完成自治政府的改革，设立总理职位。３月１９日，阿巴斯出任巴自治政府首任总理。５月１８日，以色列总理沙龙与阿巴斯举行首次会谈。这是巴以爆发流血冲突两年半以来双方举行的最高级别会晤。此后，双方又举行过多次会谈。在７月１日沙龙和阿巴斯举行的高峰会谈中，阿巴斯再次敦促以色列采取措施解除对阿拉法特的行动限制。沙龙表示，如果阿拉法特提出要求，以将会允许他前往加沙地区。