２月１３日，第五轮六方会谈第三阶段会议通过了《落实共同声明起步行动》的共同文件（２·１３共同文件），内容包括朝方关闭并封存宁边核设施，以及各方同意向朝鲜提供价值相当于１００万吨重油的经济、能源及人道主义援助，其中首批援助为５万吨重油。按照文件规定，与会各方应在４月１４日前落实文件内容。

    ３月１３日至１４日，国际原子能机构总干事巴拉迪对朝鲜进行访问，朝方表示愿与国际原子能机构合作，关闭宁边核设施。１９日至２２日，第六轮六方会谈在北京举行。会后各方发表了第一阶段会议主席声明。各方重申将认真履行在９·１９共同声明和２·１３共同文件中做出的承诺。

    ６月２１日至２２日，朝核问题六方会谈美国代表团团长、美国助理国务卿希尔访问朝鲜。访问期间，他与朝鲜外相朴义春，副外相、六方会谈朝鲜代表团团长金桂冠“举行了很好的会谈” 。２２日，希尔在首尔说，朝鲜已经准备迅速关闭宁边核设施。２５日，朝鲜外务省发言人在平壤宣布，被冻结在澳门汇业银行的朝鲜资金转移问题已经解决。朝鲜将开始履行朝核问题六方会谈达成的《落实共同声明起步行动》共同文件。２６日，国际原子能机构工作代表团一行４人抵达平壤，开始对朝鲜进行访问。访问期间，代表团与朝鲜原子能总局官员进行了多次会谈，并在朝方的大力协助下视察了宁边地区的核设施。代表团团长、国际原子能机构副总干事海诺宁说，通过会谈，代表团已经与朝鲜方面就关闭和封存宁边核设施的验证程序问题达成了共识。

    ７月１４日，在韩国运送的第一批６２００吨重油抵达朝鲜先锋港后，朝方关闭了宁边核设施。２０日，第六轮六方会谈团长会议在北京闭幕并发表新闻公报，各方就下一阶段工作达成四点框架共识，并制定了三步骤实施“路径”。

    ８月２日，美方首席代表、助理国务卿希尔说，朝鲜已同意在２００７年底前全面申报其核计划并使所有核设施“去功能化” 。９月１日至２日，美朝双边工作组第二轮会谈在日内瓦举行，双方就朝鲜全面申报其核计划并使所有核设施“去功能化”达成共识。

    １０月３日，朝核问题第六轮六方会谈第二阶段会议通过了《落实共同声明第二阶段行动》共同文件，即“１０·３共同文件”。根据文件，朝鲜将在２００７年年底前完成宁边核设施的去功能化并全面申报核计划，美国将根据朝方行动履行其对朝承诺。

    １１月１日，美国核专家组抵达朝鲜，参与宁边核设施的去功能化工作。２７日至２９日，由中国、韩国、日本、美国和俄罗斯等５国官员和专家组成的１０人调查团抵达平壤，对朝鲜核设施去功能化情况进行了实地调查。调查团成员之一、中国外交部朝鲜半岛事务大使陈乃清说，目前去功能化工作总体进展顺利。

    １２月３日至５日，美国助理国务卿、朝核问题六方会谈美国代表团团长希尔访问朝鲜，考察宁边核设施去功能化的进展情况，并与朝官员讨论朝申报核计划问题。５日，希尔转交了美国总统布什给朝鲜最高领导人金正日的亲笔信。布什在信中谈及两国关系正常化是最终目标。１４日，美国总统布什在华盛顿再次呼吁朝鲜全面申报其核计划和核扩散行为。

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