亚齐 (Aceh) 是印度尼西亚最西部的一个省，面积５．７３万平方公里，人口约４００万，其中穆斯林人口占９０％。１９５９年，印尼政府曾颁布一项法令，宣布亚齐为在宗教、传统文化和教育等方面拥有广泛自治权的特区，但该法令一直未能得到真正实施。

    亚齐拥有十分丰富的石油、天然气、金银矿、橡胶和木材等自然资源，是印尼资源最富庶的省份之一。但是，丰富的资源并没有给当地人带来财富，当地居民的生活长期处于贫困状态。１９７６年１２月，一些反政府人士开始利用亚齐经济凋敝、人们生活贫困等因素，与中央政府进行武装对抗，并成立了“自由亚齐运动”（简称“亚独”）。

    “自由亚齐运动”从成立之日起，就以资源分配不均和宗教文化差异为由，要求在亚齐成立一个独立的伊斯兰国家，并不断与政府军发生武装冲突。但长期以来，印尼历届政府都坚决反对亚齐独立，并对其武装进行军事打击。

2002年12月9日签署和平协议

    １９９９年瓦希德总统执政后，印尼政府大力倡导民族和解，同意让亚齐享有广泛自治，地方政府可管理７５％的财政来源，但坚决反对亚齐独立。为了缓解双方的矛盾，印尼国会还成立了亚齐问题特别委员会，专门处理亚齐问题。同时，印尼政府也与“自由亚齐运动”领导人开始谈判。

    ２００１年２月，在多次谈判未果和停火协议没有得到执行的情况下，瓦希德政府宣布对“自由亚齐运动”采取“坚决行动”，并于３月宣布“自由亚齐运动”为分离主义组织。

    梅加瓦蒂上台后，印尼政府继续与“自由亚齐运动”谈判。２００３年５月１８日，印尼政府同“自由亚齐运动”在日本首都东京举行的谈判破裂，印尼总统梅加瓦蒂随即宣布从１９日凌晨起在亚齐省实行戒严，强化军事管制。印尼军队随即展开了近３０年来最大规模的军事行动，对“自由亚齐运动”进行空中和地面打击。据印尼官方宣布，经过一年多的军事行动，政府基本收复了亚齐的基层政权，恢复了政府的行政控制，并严重削弱了“自由亚齐运动”的武装力量。

2002年12月10日，印尼政府军士兵在从亚齐特区撤出前一同欢呼。

    ２００４年１２月，地震、海啸灾难发生后，印尼政府开始与“自由亚齐运动”领导人就停火问题进行接触，为了全力救灾，双方达成了停火协议。

    ２００５年１月至５月， 在芬兰前总统阿赫蒂萨里的调解下，印尼政府和“自由亚齐运动”代表在芬兰首都赫尔辛基举行了数轮和谈。在谈判过程中，双方立场逐渐接近。在第二轮谈判中，“自由亚齐运动”开始不再坚持独立的立场，并在第三轮谈判中同意放弃独立要求。５月３１日，第四轮谈判结束，双方同意就结束亚齐暴力冲突起草一份和平协议，并决定于 ７月１２日进行新一轮谈判。７月１６日，印度尼西亚政府与“自由亚齐运动”谈判代表在芬兰首都赫尔辛基举行的第五轮和谈中就和平协定达成意向性协议，双方将提交各自领导层批准，并将于８月中旬正式签署和平协定。８月１５日，

“自由亚齐运动”士兵上缴武器。

印尼政府和“自由亚齐运动”在赫尔辛基正式签署和平协议。根据协议，“自由亚齐运动”不再要求亚齐独立并解除武装。同时，政府撤出在亚齐的编制外驻军和警察， 特赦“自由亚齐运动”政治犯。８月３１日，印尼政府释放了在押的１４２４名“自由亚齐运动”政治犯。

    ２００５年１２月，国际监督机构人士和印度尼西亚政府官员均证实，“自由亚齐运动”已经完成了解除自身武装的工作 。“自由亚齐运动”向政府上缴了８４０件武器，政府方面按照和平协议的规定，在１２月２９日以前将多余的政府军士兵和警察有序撤出亚齐。同月２７日，“自由亚齐运动”宣布解散其军事组织“亚齐国民军”。

    ２００６年７月，印度尼西亚国会通过了《亚齐自治法》，赋予亚齐省地方政府更大的自治权。根据《亚齐自治法》，亚齐开发石油和天然气收入的７０％将由本省支配。该法还规定曾经从事分离主义活动的人可以组建政党，并参加各级政府竞选。