国家信访局 （由国务院办公厅管理）局长：王学军 （2004年2月任）
国家粮食局（由国家发展和改革委员会管理）局长：任正晓（2012年4月任）
国家能源局（由国家发展和改革委员会管理）：刘铁男（2011年1月任职 ）
国家国防科技工业局（由工业和信息化部管理）：陈求发（2008年3月兼任 ）
国家烟草专卖局（由工业和信息化部管理）局长：姜成康
国家外国专家局（由人力资源和社会保障部管理）局长：张建国（2011年2月任）
国家公务员局（由人力资源和社会保障部管理）：尹蔚民（2008年3月兼任 ）
国家海洋局（由国土资源部管理）局长：刘赐贵（2011年2月任）
国家测绘地理信息局（由国土资源部管理）局长：徐德明（2008年10月任）
中国民用航空局（由交通运输部管理）：李家祥（2008年3月兼任 ）
国家邮政局（由交通运输部管理）局长：马军胜（2006年12月任 ）
国家文物局 （由文化部管理）局长：励小捷 （2012年2月任）
国家食品药品监督管理局（由卫生部管理）局长：尹力（2012年2月任命 ）
国家中医药管理局（由卫生部管理）局长：王国强（2007年任 ）
国家外汇管理局（由中国人民银行管理）局长：易纲（2009年7月任 ）
国家煤矿安全监察局（由国家安全生产监督管理总局管理）局长：付建华（2012年2月任）
* 国家保密局局长：夏 勇（2010年5月任）
* 国家密码管理局局长：魏允韬
* 国家航天局局长：孙来燕（2010年5月免职）
* 国家原子能机构主任：陈求发（兼）
* 国家语言文字工作委员会主任：赵沁平
* 国家核安全局局长：李干杰（2007年1月任 ）
* 国家保密局与中央保密委员会办公室、国家密码管理局与中央密码工作领导小组办公室，一个机构两块牌子，列入中共中央直属机关的下属机构。工业和信息化部对外保留国家航天局、国家原子能机构牌子。教育部对外保留国家语言文字工作委员会牌子。环境保护部对外保留国家核安全局牌子。
