中亚地区早在上个世纪90年代末期就成为恐怖主义活动的重灾区。由于成员国对此有切肤之痛，上合组织成立伊始就把打击包括恐怖主义在内的 “三股势力”作为安全合作的重点，上合组织也因此成为最早关注并且打出反恐旗帜的国际组织之一。 10年来，成员国之间签署了包括打击“三股势力”等内容的《上海公约》、《反毒协定》等多边文件，通过组织联合反恐演习，开展情报交流与司法协助等方式，不仅提高了成员国的反恐能力，而且对境内外的“三股势力”起到了震慑作用。

　　自2010年以来，中亚及其相邻地区的反恐形势再次趋于严峻，本·拉丹被击毙后，国际恐怖主义出现重新组合的新趋势，阿富汗的安全前景更加不明朗，给相邻的中亚地区制造安全威胁。与此同时，中亚国家间因资源开发、债务纠纷和边界问题引发的矛盾日趋尖锐，影响了地区合作走向深入。在这样的背景下，上合组织的安全合作将面临更多挑战。

　　首先是中亚恐怖主义活动的“本土化”趋势加强。随着政局不稳、经济状况不佳和通货膨胀加剧，一些中亚国家面临的社会风险增大。大量贫民的存在和社会不满情绪的“喷发”，使恐怖主义有了孳生土壤。吉尔吉斯斯坦2010年4月发生政权更迭后，极端分子借机滋事，最终酿成6月南部地区的大规模民族冲突。另外，宗教极端势力在费尔干纳盆地迅速蔓延，引起了相关国家的警惕。

　　其次是国际恐怖主义进一步向中亚地区渗透。美国和北约近两年加大在阿富汗军事行动的力度，为2014年开始的撤军作准备。美军在阿富汗南部和巴基斯坦对塔利班武装进行清剿，迫使一些恐怖分子向阿富汗北部甚至越过边境向中亚国家“回流”。中亚国家的极端势力与外部的联系更加紧密，跨国犯罪集团千方百计破坏中亚国家的政治稳定，以保证毒品运输走廊的畅通。