女王1940年生于丹麦首都哥本哈根的爱玛莲堡宫，由于她出生时冰岛还是丹麦的一部份，她被绶于冰岛语名“orhildur”。女王自幼就接受良好教育：出国前曾就读于丹麦哥本哈根大学及奥胡斯大学，之后前往法国巴黎大学、英国剑桥大学及伦敦政治经济学院进修。由于玛格丽特的父亲弗雷德里克九世国王没有男性子嗣，丹麦政府于1953年提出动议，修改王位继承法案，允许女性继承王位。倡议获得了绝大多数丹麦人的赞同和支持。身为长女的玛格丽特公主成为了女王储。作为王位继承人，玛格丽特自幼便接受了全面和严格的教育。启蒙时，她在宫中从师于来看英国和法国的家庭教师，其后进入哥本哈根女子中学，毕业后考入哥本哈根大学攻读桥大学、伦敦经济学院和巴黎一所大学攻读考古学和社会学。为了做一个称职的君王，她还曾进入丹麦军队服役，学习军事。