伊莎贝拉二世是西班牙国王斐迪南七世的长女，生于马德里。 她的母亲是斐迪南七世的第四任妻子玛丽亚·克里斯蒂娜·德·波旁-两西西里。 属于那不勒斯的波旁王朝，而且是在法国大革命中被处死的法国王后玛丽·安托瓦内特（哈布斯堡王朝成员）的外甥女。在没有男性子嗣的斐迪南七世去世后，其女儿伊莎贝拉（当时只有3岁）被宣布为西班牙的女王，玛丽亚·克里斯蒂娜则成为摄政。