藤森１９３８年７月２８日出生于秘鲁首都利马一个日本侨民家庭。１９５５年，年轻的藤森以第一名的成绩考入秘鲁农业大学，１９６１年又以第一名成绩从该校毕业。此后，他又前往欧美留学，先后就读于法国斯特拉斯堡大学和美国威斯康星大学。学成归国后，藤森回母校秘鲁农业大学执教。

   １９８４年，时年４６岁的藤森被提拔为农大科学系主任，同年又出任农大校长。３年后，他被任命为秘鲁全国大学委员会主席，这是他担任的第一个公职。

   ２０世纪８０年代末，秘鲁经济滑坡，社会动荡。１９８９年７月，藤森毅然弃文从政，同一批志同道合者成立了“变革９０”独立运动，投入到总统竞选中。１９９０年６月，秘鲁举行四年一度的总统选举，藤森在第二轮总统选举中一举击败巴尔加斯，当选秘鲁总统。１９９５年４月和２０００年５月，藤森两次蝉联总统。

    藤森执政后，一方面采取措施稳定政治局势，另一方面又大刀阔斧地进行经济改革和结构调整，使秘鲁经济在克服严重危机后走上了稳定发展的道路，原已基本枯竭的国家外汇储备额到２０００年７月底达到８８．２３亿美元。

    ２０００年９月，总统顾问、国家情报局主管蒙特西诺斯收买反对党议员的丑闻败露，引发全国政治危机，藤森本人面临一系列指控。１１月，藤森利用出席国际会议之机转道日本寻求政治庇护，并宣布辞去总统职务，随后遭秘鲁国会罢免。秘鲁政府曾多次要求日本政府将藤森引渡回国受审，但日方以藤森拥有日本国籍为由，拒绝引渡。

    藤森流亡日本后，秘鲁当局禁止他在１０年内从政。

    ２００５年１１月，流亡日本的藤森在造访秘鲁邻国智利时被智利警方逮捕。此后，秘鲁指控藤森犯有包括贪污罪和滥用人权罪等２１项罪行，并一直要求将藤森引渡回秘鲁受审。今年７月智利最高法院作出一审判决，拒绝秘鲁政府提出的引渡要求。秘鲁政府随即向智利最高法院提起上诉，要求重新审理有关引渡藤森回秘鲁的案件。

    流亡中的藤森不甘寂寞，今年６月他宣布以日本国民新党候选人的身份参与７月底的日本参议院改选。７月３０日，日本参议院选举结果公布，藤森所属的国民新党仅获得２个议席。藤森在国民新党候选人中排名第四，无缘成为参议员。