陈水扁任台湾当局领导人时每年有4800万元（新台币，下同）的“机要费”。2006年7月20日，国民党籍“立委”邱毅向媒体出示总金额逾70万元的8张发票复印件，指称这些发票被陈水扁妻子吴淑珍用来虚报“机要费”，并认为“机要费”的使用隐藏着重大贪腐内幕。陈水扁“机要费”贪腐案由此爆发。
在岛内舆论的压力下，台湾审计部门开始对“机要费”进行审计，结果发现陈水扁2005年报销的“机要费”中，约七成七无支出发票或发票不合格，涉及款项超过3600万元。审计部门以“疑似有不法情形”为由将全案移送台湾高检署侦办。
2006年8月16日，“机要费”贪腐案获重大突破。被指称涉案的李碧君坦承拿过堂妹李慧芬提供的总金额达数百万元的发票，其中的一部分给了吴淑珍。
8月23日，邱毅又揭露，陈水扁的“机要专员”陈镇慧每月都会领出200万元“机要费”，分配给陈水扁夫妇及女儿陈幸妤、儿子陈致中等人花费，只要消费之后把发票交给陈镇慧，就可以报销。
在“机要费”贪腐案被揭发后，陈水扁及其办公室多次否认报假账，直到9月5日，陈水扁才首次承认曾以他人的单据及发票来报销“机要费”，但仍然声称自己没有涉嫌不法。
侦查结果公布
检方起诉
2006年11月3日下午，台湾检方宣布结束对“机要费”贪腐案的侦查，认定陈水扁涉嫌贪污和伪造文书，但因其身为台湾当局领导人、享有“刑事豁免权”而暂不予起诉；认定吴淑珍在案件中诈领1480多万元，涉嫌贪污和伪造文书，对她提出起诉。原陈水扁办公室主任马永成等其他5名被告，分别依照贪污、伪造文书、伪证等罪嫌提出起诉、缓起诉。
“机要费案”开庭审理情况
2006年12月15日，机要费案首次开庭，吴淑珍出庭。
2006年12月15日，台北地方法院首次开庭审理陈水扁
“机要费”贪腐案。陈水扁妻子吴淑珍等多人出庭应讯。在庭审过程中，吴淑珍因身体不适昏倒，被送往医院。直至庭审结束，吴淑珍未再返回法庭应讯。此后，每逢“机要费”案开庭，吴淑珍均以身体不适为由拒绝出席。
台北地方法院发出传票要求吴淑珍2008年9月19日上午9时30分出庭。“机要费”案审理至今，吴淑珍称病请假16次，如果她这次如期应讯，距离上次出庭已相隔643天。
9月19日，原本应于上午9时30分出庭应讯的吴淑珍并未如期现身，检方当庭声请拘提吴淑珍。10时左右，合议庭法官最后裁定择日再审，并未发出拘票。
台北地院审理“机要费”案近两年，吴淑珍只有在第一次开庭时到庭，自此之后都以台大医院医生证明请假。不过去2007年底“立委”选举及2008年“大选”，吴淑珍都能外出投票，合议庭决定传讯吴淑珍出庭。
依照法院组织法规定，案件必须在法庭审理，没有所谓的“就讯”，所以法官不能像检察官一样，到吴淑珍的宝徕花园广场豪宅就讯。
事实上，合议庭审理“机要费”案，过去遭遇两道关卡，一是吴淑珍总以诊断书作护身符请假，二是陈水扁将此案卷证数据都核定为绝对机密；现在马英九已注销陈水扁所核定的绝对机密，而吴淑珍逢开庭就请假这道关卡，合议庭在案件被迫延宕一年多后，应该也获得了重大突破，才会再发出吴淑珍的传票。
陈水扁部分：台检方已三度已被告身份传扁
7月24日，台检方曾约谈陈水扁，当时相关卷证仍属机密，检方只能根据起诉书内容讯问。由于台当局日前决定“注销”有关文件的“机密核定”，检方现已可提示全部卷证。
2008年8月12日，台检方就“机要费”案第二次以被告身分传讯陈水扁。当日下午14时30分许，陈水扁在3名律师陪同下应讯，时间约4个小时。
9月3日上午，台特侦组第三度以被告身份传唤陈水扁到案说明“机要费”的支领状况，扩大追查“机要费”不需要单据核销的“机密费”部分。陈水扁下午随即召开记者会，强调称机要费是特别费的一种，并质疑马英九虽然特别费被起诉但仍脱身，因此对外“喊冤”。据指出，陈水扁前两次应讯时，引前台北市长马英九“特别费”案为例，强调“机要费”性质与“特别费”相同，是“特别的特别费”，并强调自己在本案没有贪渎的主观犯意，也没有客观上贪渎的犯行。不过，看在特侦组检察官的眼里，扁的辩词，与吴淑珍被起诉时的说法雷同。
“机密”之战 曾导致机要费案审理停摆一年半
“机要费”案开庭审理之后，陈水扁办公室拒绝交出“机要费”案的“六大机密”。2007年1月19日，台北地方法院合议庭认定陈水扁核定的六件所谓“外交机密”案为“非机密”，并决定将于23日开放阅卷。
在得知台北地方法院仍决定开放阅卷后，22日下午，陈水扁办公室“公共事务室”发表措词强硬的声明。陈水扁办公室副秘书长卓荣泰称，有关台北地方法院所函询的内容，陈水扁之前已向“机要费”案承办检察官陈瑞仁说明均属“绝对机密”，
陈瑞仁也保证负保密义务，并将所有机密数据封存，不公开、不泄密，非经陈水扁同意不得拆封。
台北地院合议庭9月6日接获陈水扁幕僚长叶菊兰具名公函，称法院侦查卷宗附件编号10至12号的3宗卷宗资料，包括扣押的2000年1月至2006年6月30日的“机要费”核销发票、单据、电磁记录、侦查中相关人士讯问笔录、Ｆ案等6件“外交工作”资讯，陈水扁依台“大法官释字第627号”解释意旨，已依“机密保护法”有关规定重新核定为“绝对机密”，应永久保密，申请返还相关证物。
2007年10月5日，台北地院再度传唤陈水扁妻子吴淑珍出庭，希望能结束拖延将近一年的准备程序，进入实质审理阶段。但是，吴淑珍第14次以身体状况不好为由请假未出庭。
台北地方法院合议庭5日上午就此听取检辩双方意见后认为，陈水扁的核定行为违反“机密保护法”规定，具有重大明显瑕疵，依法应属无效。陈水扁请求发还相关证物，因相关证物仍在审理中，应予以驳回。他若不服可提抗告，台北地院合议庭将等台湾高等法院裁定确定后，再继续排出开庭日期，并无所谓停止审判或暂停审理的问题。
10月15日，针对台北地方法院裁定拒绝返还“机要费”案机密卷证，同时裁定相关卷证并非机密一事，陈水扁委托律师召开记者会，宣布正式提出抗告。
2007年12月14日，陈水扁向台北地方法院声请返还“机要费”贪腐案发票、笔录等卷证，遭到驳回后，陈水扁两度提抗告。台湾“最高法院”14日作出裁定，认定陈水扁有权声请返还相关卷证，本案发回台湾高等法院更为裁定。
岛内媒体分析认为，此裁决不仅直接影响台北地方法院审理“机要费”贪腐案时程，也使未来判决结果增添变数。
2008年5月20日，台“最高检察署检察总长”陈聪明将陈水扁所涉的“机要费”案以指定分案的方式，交由特侦组主任陈云南负责侦办，同时大阵仗由7位特侦组检察官协办。
陈水扁、吴淑珍被控均涉“机要费”案，其中，陈水扁于任内具“刑事豁免权”的保护伞，检方并未侦办、起诉。陈水扁卸任后，特侦组则立即分案将陈水扁列被告侦办，起诉后再并案由向台北地院审判长蔡守训进行审理。
马英九注销陈水扁“机要费”案“绝密”文件
台检方8月12日就“机要费”案约谈陈水扁（资料图片）
2008年8月6日，台当局召开记者会宣布，陈水扁“机要费”案所有相关文件并不涉机密，决定“注销”有关文件的“机密核定”。
由此，陈水扁“机要费”案将失去其自设的“机密保护伞”。负责侦办该案的台“高检署”特侦组发言人朱朝亮在获悉后表示，“非常乐见”这一决定，在具体确认“注销”的范围后，将尽快传唤陈水扁。
据了解，陈水扁将涉及该案的发票、笔录列为“绝对机密”，依规不能复制，造成检方在侦查、起诉和审判过程中无法提供完整的调查证据和笔录，使得诉讼无法顺利进行。为此，台“高检署”在2008年5月20日后要求台当局尽快“解密”相关资料，以利司法侦查和审理。
据悉，台当局“注销”“机密核定”的包括2000年至2006年间所有报销“机要费”的支出单据以及检方在侦办过程中陈水扁及其他人员所作的供述证据等。
台检方6日还指出，台当局未使用“解密”一词，而使用“注销”，指的是陈水扁之前核定“机密”就是错误的。
