陈水扁在“建交弊案”中扮演什么角色？国民党“立委”邱毅7日爆料指出，在02年、03年两年中金纪玖就进入“总统府”三次，都由陈水扁亲自接见。另外，请辞“外交部长”后，黄志芳不只没有贴身随扈，就连住家门口的警卫哨也都撤离了，邱毅也说，担心安危问题的黄志芳现在该担心的，应该是他老板陈水扁，还暗示说小心别被灭口。
据台湾东森新闻报道，邱毅表示，金纪玖两年内三度进入“总统府”，都是由陈水扁亲自接见，三次接见里面，其中的一次双方合照，被金纪玖放在力甲营造的公司简介里，凸显自己和陈水扁的关系，而他西装上衣左胸的一张名牌，更让邱毅确定两人会面的地点就在“总统府”。
事实上，就在这张照片出现的同时，“总统府”就紧急澄清，表示陈水扁和民众合照签名相当寻常，不过邱毅显然不信，紧咬扁金关系不放，同时他还质疑两人有利益酬庸的关系，因为在03年10月，金纪玖就被林陵三提名担任中华工程顾问司的副董事长，与陈水扁的机要秘书林振得相互搭配。
至于请辞获准的黄志芳在3日记者会上表示“我也担心我跟我家人的人身安全问题”，在他辞官后，不仅没有贴身随扈，就连住家门口的警卫哨也连夜撤离，邱毅也不忘对他喊话，“他(黄志芳)知道陈水扁是心狠手辣的人，他知道陈水扁是会灭口的人，他当然也知道，过去力甲营造前董事长钱育城就曾经离奇死亡在基隆河六号水门...。”
