生物入侵的主要途径有两种，一是自然入侵，即入侵物种随着气候变化，跟着风、水流、动物迁徙等侵入；二是人为活动，如贸易、旅游等出入境活动带入。
起因
无意携带和全球变暖造成
在第二届国际生物入侵大会上，有专家指出，外来物种入侵到一个地区之后，往往有一个过程，这个物种会慢慢生存下来，等到有一天会突然暴发出来。很多生物入侵的例子，都是人为因素带过来的，比如柑橘蛆，这种虫子其实学名叫柑橘大实蝇，是一种仅危害柑橘的害虫。柑橘大实蝇把卵产在柑橘内，卵孵化出幼虫，幼虫会不断破坏果肉，等长得老熟，再变蛹，钻出水果，掉到土缝里结茧，然后羽化成蝇，这样一代代循环。很多人在旅游途中，买了很多水果，在吃的过程中发现这个虫子之后，就随手丢掉了，如果再多一点这种情况，这个虫子就很容易在这个地方生存下来，然后大规模暴发。如果减少水果异地交叉，这种情况相对会好一些。
另外，随着国人旅游目的地越来越广泛，直接携带生物入境的国际会议如各种博览会等也明显增多，人员入境时有意无意传播入侵物种的可能性大大增加，给生物入侵的防范提出了更高的要求，这个时候，人们应积极配合海关等检疫部门的工作，到国外旅游时尽量避免去疫区，尽量不要带水果、花卉等易于造成生物入侵的物品。
数据显示，中国大部分入侵物种是人为引入或带入的，它们或作为牧草、饲料、工业材料、药用植物、蔬菜、草坪、养殖、观赏、生物防治等目的而被有意引进，或是随引进的原木、苗木、花钵、土壤而被无意传入。比如松树的天敌“松材线虫”就是中国贸易商在进口设备时随着木材制的包装箱带进来的。国内约有50%的外来植物和25%的外来动物是有意引入的。
为什么生物入侵在全球范围内呈现愈演愈烈的态势？在万方浩看来，全球化背景下的气候变化、大气变化以及土地利用变化都是重要因素。
比如一些昆虫，因为气候变暖让它们第一次飞行时间提前，飞行能力提高，从而增加传入为害的可能性；有一些植物如红雀麦，因为大气中二氧化碳浓度的提升，它单粒种子的重量在下降，但数量增长了三倍。重量下降有利于它向更远距离传播，而数量增长则增加了它的种子库。一些入侵物种的高适应性改变，导致其抢占了本地生物的生存空间和资源，产生了极大的危害。
此外，近年来越来越多的极端天气变化，以及人类对自然环境的破坏，都在不同程度上降低了原有生态系统的入侵抗性。
