据台湾媒体报道，此案发生在2004年台湾地区领导人选举投票日前一天，当时候选人陈水扁及吕秀莲，3月19日下午13时45分在台南市金华路三段在吉普车上进行扫街拜票时，遭到不明歹徒枪击，14时许送抵台南县永康市奇美医院治疗，时值敏感时期震惊岛内外。

    当天下午15时20分左右，在奇美医院医疗人员的面前，从陈水扁的衣服中掉出一颗弹头，时侨台“总统府”秘书长的邱义仁随即召开记者会，对外表示陈、吕两人意识非常清楚，没有生命危险，随后当时的台“中选会”主委黄石城宣布选举照常举行。

    当天下午17时10分，当时的“总统府”公共事务室主任黄志芳，由随扈医师、奇美医院医疗小组陪同召开记者会，说明扁吕之伤势及治疗状况。17时30分，国亲联盟除为陈、吕祈福外，亦要求台当局必须尽快公布真相，让民众在当天前有所了解，双方阵营都取消大型造势活动。

    17时40分，民众报案在台南市金华路三段十二号前拾获2颗弹壳，警方于现场拉上封锁线，到了晚间20时左右，刑事局则在扁吕扫街之吉普车上，吕秀莲座位下附近，又找到1颗弹头。紧接着，台“立法院长”王金平公开表示，执政党的候选人遭枪击，是相当严重的事，有关单位必须立即对外说清楚，不要到了选后，才发现其中有矛盾之处。

    到了当晚22时，法定竞选活动截止后，扁吕于夜间23时分别以电视录像方式发表谈话，并呼吁民众，在“大选”投票的重要日子“一定要去投票”。

    到了3月20日，投票结果扁吕以29518票差数险胜连宋，当晚连宋就宣布提起选举诉讼，而“319枪击案”也因而被视为严重影响此次“大选”结果。