据台湾《联合报》报道，国民党秘书长吴敦义将在新任党主席产生后，主动辞去秘书长职务，尊重新任党主席的人事布局。党政人士指出，吴敦义在此刻辞党职拼“立委”，似有维持党务中立、强攻“立法院”龙头的意味。 吴敦义表示，新的党主席产生后，“一定要总辞，让新党主席有通盘考虑党人事的空间，这是应该的。”他说，辞秘书长与参选“立委”无关，之前他曾向代主席江丙坤请假，以便争取“立委”提名，但江认为吴选区是同额初选，状况单纯，未予准假。
国民党人士表示，早在吴伯雄、洪秀柱登记参加国民党主席补选前，吴敦义就有辞职想法，当时吴敦义曾告知部分党内高层，也透过管道传达给前主席马英九。马英九阵营对此高度重视，幕僚表示，吴敦义辞职将影响党内生态，必须及早因应。
部分国民党高层私下证实听闻吴敦义将辞职的消息。某位高层分析，吴敦义此举，着眼于“立委”选举布局，同时也有“更上层楼”的味道；若吴敦义持续坐在秘书长位置上，争取“立法院长”提名反而绑手绑脚，被批党务不中。
