根据工作职责,国务院台湾事务办公室设8个职能局和机关党委,分别是:秘书局(人事局)、综合局、研究局、新闻局、经济局、港澳涉台事务局、交流局、联络局,机关党委。

    1、秘书局负责协调机关日常工作；承办文电、秘书、会议、来信来访、保密、通信、信息工作；负责档案、报刊、图书、资料工作及后勤管理等工作。

    人事局负责机关人员的考核、任免、调配、劳资和所属事业单位的机构、人员编制工作；组织指导本办及全国对台工作系统干部的培训、教育工作。

    2、综合局负责承办海峡两岸关系协会的日常工作；协调有关部门处理涉台的突发事件等有关问题；管理台属及台胞捐赠工作。

    3、研究局负责研究台湾局势和两岸关系形势，提出形势报告和工作建议，指导并协调中央和地方有关部门的对台调研工作。

    4、新闻局负责协调对台新闻宣传工作,承办涉台新闻发布的具体工作;协同有关部门对干部、群众进行中央对台方针政策的宣传教育。

    5、经济局负责协调和指导对台经济工作；做好对台资企业的相关管理与服务工作；负责受理台资企业的经济纠纷并提供服务。

    6、港澳涉台事务局负责协同有关部门处理香港特别行政区、澳门特别行政区涉台工作中有关事务。

    7、交流局负责审批并管理和协调两岸文化、影视、学术、教育、卫生、体育、民族、出版、宗教等交流事宜；负责大陆人员因私赴台管理工作。

    8、机关党委负责机关党的思想、组织、作风建设和纪律检查工作，领导机关精神文明建设，以及工、青、妇等工作。