吴建民在回答有关南方雪灾时广州市政协副主席对铁道部提出质疑，引起双方争议一事时表示，这一段时间，很多媒体和网民都发表了对这件事情的看法，这种公开理性的讨论多一些，是一个社会发展进步的表现。人民政协是我们国家政治制度的重要组成部分，人民政协有三大功能：政治协商、民主监督、参政议政。

    他表示，政协章程关于民主监督有着具体的规定。规定指出，政协委员有对国家机关和国家工作人员的工作提出建议和批评的权利。《中共中央关于加强人民政协工作的意见》，就是2006年2月8号发出的文件，也是关于政协工作第一次以中共中央文件的形式发出来的。这个文件要求各级党委和政府，要认真倾听来自人民政协的批评和建议，自觉接受民主监督。