1982年，侯祥麟退居二线，却开始了他另一个“黄金时代”。
侯祥麟不再担任石油部副部长职务，但仍任石油部技术委员会主任，后又改任副主任。1983年7月侯祥麟兼任中国石化总公司技术经济顾问委员会首席顾问，后又改为常务副主任。1996年后任中国石油天然气总公司高级顾问和中国石油化工总公司高级顾问。他曾是全国政协第五、六、七届常务委员、中国科学院第一届学部主席团成员、国家科委发明评选委员会副主任和化学化工评选组组长、全国发明展览会评委会主任、中国自然科学基金会第一、二届委员、中国石油学会第一、二届理事长（第三届后任名誉理事长）、世界石油大会中国国家委员会主席。1994年6月，侯祥麟当选为中国工程院第一届院士主席团成员。对于这诸多职务，侯祥麟总是不推不拒，认真努力地去多做工作，做好工作。
侯祥麟常说，我是中国石化和中国石油两大公司的顾问，我这个顾问是既顾又问。事实也确实如此。
对于石化科研工作方向，改革开放以来，侯祥麟更为重视。80年代初以来，他多次著文提出，要特别重视和加强基础理论研究，以增强科研工作后劲；要不断研究各种新兴技术（如计算机、系统工程、信息处理、高性能材料、生物工程等），并应用到炼油和石油化工各种工艺技术中，以革新改造传统工艺技术；要应用各个技术领域里的新成果来加深对催化过程的认识，发展新型高效催化剂；要提高能源利用效率，深入研究在流程上、加热方式上、热量回收上，实现最优化，发展省能的新的分离过程和机械设备；要着眼于国际市场，发挥我国原油特性，研制、生产有竞争力的新产品。
对于学习、引进国外先进的科学技术和成套设备，侯祥麟即使在“文革”时也顶着压力积极支持；80年代中期以来，他认为成套设备的过量重复引进和完全依赖外国的思想，势必影响我们自己科研、设计和制造能力的发展和进步。因此他主张，在学习、跟踪世界先进设备、仪器发展新水平的同时，还要立足于我们自己，只有主要工业生产装置实现国产化，才能体现我们整体科技水平。就石化工业来说，他建议从其龙头---乙烯裂解炉入手，探索实现国产化的路子。他的主张和建议得到中国石化总公司的重视和支持，总公司拨出巨款，积极组织研制攻关。经过近5年的努力，1990年1月和10月，中国自行开发研制的两台年产2万吨乙烯的新型裂解炉（称为“南方炉”和“北方炉”）先后在辽阳和上海建成并运转成功，此后又进一步研究建造成几台年产4万吨和6万吨乙烯的裂解炉。这项成果被誉为80年代新的“四朵金花”之一。随后侯祥麟又提出高压加氢装置（包括催化剂）国产化的建议，也得到重视、采纳和实施。到1994年，中国第一套自行设计、制造的80万吨／年高压加氢裂化装置在镇海建成。国家两部级单位的联合鉴定认为这套装置达到了国际先进水平。这项成果于1996年先后获得"鲁班奖"和中国石化总公司科技进步特等奖。
80年代中期以来，先进国家的科学技术和工业产品与我国的竞争日趋激烈，侯祥麟深感推进科研创新和工业技术进步是我国石化工业生存和发展至关重要的问题。为此，他不惜殚精竭虑。
蒸汽裂解制取乙烯是传统生产工艺，在世界上一直没有被突破。其实革新这种传统工艺是侯祥麟多年的大胆设想。早在60年代中期，他就指导科研和生产人员在石油六厂进行过用催化方法制取烯烃的探索和试验。虽然限于催化剂、设备材质等条件，以及“文化大革命”，没能取得突破性进展，但积累了一定经验。80年代中期，侯祥麟看到我国重油资源日趋增多，而蒸汽裂解生产乙烯所需轻质油品日趋紧俏，于是在1986年中国石化总公司召开的技术经济顾问委员会会议上，他更进一步提出用催化方法裂解重质原料油生产烯烃的意见，得到与会专家们的赞同和总公司领导的支持。随后，石油化工科学研究院针对该项目进行的工艺研究和催化剂试制，以出人意料的速度取得成功，这更引起侯祥麟的重视。他亲自为这项技术取名"催化裂解"。在侯祥麟和总公司的支持和推动下，石油化工科学研究院把该课题的中试列为头号任务进行协作攻关。90年代初，中国石化总公司又把该项目工业化试验列为“十条龙”攻关项目之首。“决战”阶段，他在百忙中，随时掌握试验情况，及时与有关部门协调，帮助解决遇到的各种困难和问题，并为尽早进行工业化试验亲自到外地找有关厂家考察和恰商。催化裂解于1990年成功地进行了工业化试验以后，引起世界科技界和石化工业界的重视，一些颇具权威的石油化学家预言：催化裂解工艺将为世界石化工业开辟一条新路。果然它很快在中国、美国、欧洲和日本等国批准专利，并作为中国首套石化工业成套技术出口到国外。这项成果先后获得中国专利创造发明金奖（全国每两年评出10项）、中国石化总公司科技进步特等奖、国家发明一等奖等奖项。另外，它也是80年代新的"四朵金花"之一。
继60年代的“五朵金花”后，80年代，侯祥麟和技术经济顾问委员会的专家们，针对我国石化行业比较落后的情况，提出要加大技术创新力度。于是，中国石化总公司每年组织科技十条龙攻关，其中，有四项突出的技术创新成果：催化裂解、常压重油催化裂化、缓和加氢裂化、乙烯裂解炉（南方炉和北方炉），被时任中国石化总公司总经理的盛华仁誉为80年代新的“四朵金花”。侯祥麟对80年代新的“四朵金花”都倾注了大量心血，积极支持指导，最终都开发成功，四项成果都达到了世界先进水平。
1983年8月，侯祥麟作为世界石油大会中国国家委员会主席率领中国石油代表团出席了第11届世界石油大会。这是中华人民共和国的代表第一次参加世界石油大会。此后，1987年第12届，1991年第13届的世界石油大会，中国都由他率团参加。在与国外石油界的交往中，他坚定地执行我国政府的外交路线，大力宣传我国政府关于发展石油、石化工业的方针政策，我国石油、石化工业所取得的成就及未来发展的良好前景，为增进我国与世界石油、石化界的友好合作，扩大我国的影响，作出了重要贡献。在他的努力下，中国申办第15届世界石油大会获得成功。1994年在挪威举行的第14届大会上，侯祥麟代表中国国家委员会接过了世界石油大会会旗。1997年10月，第15届世界石油大会在北京隆重召开，对中国石油、石化工业的发展产生了积极影响，也极大提高了我国在世界上的地位和威望。
作为中国科学院老院士和第一届院士主席团成员，侯祥麟十分关心我国工程技术专家在国家建设中作用的发挥。80年代初以来，根据我国工程技术队伍的不断壮大及国际交流活动的增加和时代发展需要，经过10多年的酝酿，借鉴一些工业大国的做法和经验，侯祥麟和张光斗、王大珩、师昌绪、张维、罗沛霖等6位科学家联合向中共中央、国务院提出在我国建立一个以工程技术专家为主的国家级学术机构的建议，并参加了成立该机构的发起和筹备工作。1994年6月3日，中国工程院正式成立，侯祥麟当选为首批院士和院士主席团成员。
随着国民经济的快速发展，我国承载了越来越重的资源、能源压力。2005年2月27日，春寒料峭，30多位中国工程院院士围绕着建设节约型社会进行了整整一天的讨论。这次座谈会源于我国著名石油化工专家侯祥麟院士今年春节前向工程院提交的一份名为《节约型社会初步探讨》的建议书。基于对我国树立科学发展观和经济可持续发展的认识，侯祥麟建议中国工程院讨论建设节约型社会的问题，并在全社会大力提倡节约。会后，侯祥麟和33名中国工程院院士在《光明日报》上撰文，大声疾呼：建设节约型社会刻不容缓！现在，他看到建立节约型社会受到国家重视感到无比欣慰。
