1986年7月8日，在意大利罗马的巴比雷尼宫，侯祥麟从意大利阿吉普公司董事长手中接过一尊"征服宇宙"铜雕、马太依国际奖证书和2.5万美元奖金，以表彰侯祥麟为中国炼油和石化科技事业作出的重要贡献。意大利总统科西加亲自上台向第一位获此殊荣的中国科学家侯祥麟表示热烈祝贺。回国以后，侯祥麟即把所获2.5万美元奖金全部捐给了国家，作为用来购买国外科技图书的专用资金。

    半个多世纪以来，侯祥麟筚路蓝缕，启山奠基，为中国石油、石化和科技事业作出了开拓性贡献，他自己则是操守廉洁，克己奉公，多次捐出所获奖金和家产财物，支援国家教育事业和石化高科技人才的培养。

    早在1950年，侯祥麟准备回国时，就未雨绸缪，花费大量积蓄购买了一批科技书刊，共装13箱带回国内，全部捐给了石油科学研究院图书馆。这些图书资料对我国炼油科技研究事业的开展发挥了很大作用。

    侯祥麟1955年任中国科学院学部委员，按规定每月可领取百元交通补助费，可他坚持不去领取，经再三催促，他才领来，但并不花用，攒在一起都交了党费，一次就交了8000元。"文革"期间，他曾被扣发工资，落实政策后，他将补发6000元工资，全部交了党费。

    80年代初，侯祥麟家乡政府为侯氏家庭落实政策，准备归还其祖上在广东揭阳留下的祖屋、花园等房产。老家的侄辈、侄孙辈来京，请求侯祥麟这位大家长签字，以期收回后，分一部分归他们使用。但侯祥麟却说服他们，把这些房产全部捐给地方政府，不留尾巴。他说现在国家办教育事业困难很大，家乡学校的条件也较差，咱们把这些房产捐了用于办学校，为教育事业出把力吧。

    侯祥麟的一生与教育结下了不解之缘。他的父亲终生从事教育工作，家里有了积蓄，他首先想做的事情就是办学校。侯祥麟毕生的一个强烈愿望就是为教育做一件事。侯祥麟基金的设立使他实现了这个愿望。

    1996年10月17日，侯祥麟荣获何梁何利科学与技术成就奖。他是获此奖励的3位中国著名科学家之一。奖金领到后，他仍然没有个人花销的安排，首先想到的是要为培养石化高层次后续人才出把力。他决定捐出50万元人民币，在中国石化总公司、中国石油天然气总公司和石油化工科学研究院协助下，设立了隶属于中国科学技术发展基金会的侯祥麟基金会，旨在激励科研院所和高等院校炼油与石化专业的高层次人才积极进取，攀登高峰，为促进我国石油化工工业的发展作出贡献。1998年5月，第一届侯祥麟基金奖颁奖大会在石油化工科学研究院举行。侯祥麟亲自向获奖者颁发了获奖荣誉证书和每人20000元人民币奖金。侯祥麟基金至今已颁发7次，共奖励227人，其中本科生118人、硕士65人、博士25人、博士后6人、青年科技人员13人。目前，"侯祥麟基金"已发展到800万元。

    侯祥麟院士是国家自然科学基金会第一届委员；1986年中国科协成立振华基金会（今中国科技发展基金），他是副理事长之一。目前，由侯祥麟院士主持的还有两个专项基金：一是"李成智国际象棋基金"。该基金是新加坡华人李成智先生资助中国国际象棋事业的，旨在促进中国国际象棋水平的提高，侯祥麟院士任主任委员。二是中国科技馆基金，成立于1994年，对推动全社会关心和支持科普教育和科技馆事业，优化社会科技教育环境起到很好的促进作用。侯祥麟任会长。

    1998年6月，国务院决定在中国科学院和中国工程院设立资深院士制度。侯祥麟同时成为中国科学院资深院士和中国工程院资深院士。他在同记者谈话中表示完全拥护国务院决定，支持两院院士制度改革。担任资深院士以后，将集中精力，发挥特长，做好科技咨询、学术交流和科普宣传工作。

    国家科委发明评选委员会的评审工作是很累人的事情。由于涉及全国大多数学科和专业，每次评审都有数百项之多。这就要求主持人不仅学问渊博、知识面广，而且要办事认真、公正。侯祥麟对各学科组的初评结果，尤其他兼任组长的化学化工组的项目，都一一认真研究，逐条细抠，严谨辩问，坚持标准，严格把关，按原则办事。

    编书也是一种苦差事，自80年代中期以来，侯祥麟主编和参编了多部大型专业著作，主要有：《中国大百科全书·化工》、《中国炼油技术》、《中国页岩油工业》、《中国军事工业·石油》、《中国炼油技术新进展》（英文版）、《英汉石油大辞典》、《石油化工科学研究院发展史》等。这些书少则四五十万字，多则几百万字。侯祥麟对每本书的各个章节都与参编者认真研究，议定提纲，提出指导性意见。对初稿他总是细致审看，亲自查找资料，纠正错漏，进行修改或提出修改意见。有的书按照他的要求反复多次修改，直至他认可为止，并为多部书亲自撰写了序言。在他严谨治学态度影响下，这些书都以很高质量出版，受到读者和专家的好评。