侯祥麟多年来极力倡导基础理论研究，但以往石油化工科学研究多重视应用研究而忽视基础理论研究。创新需要理论指导，不是凭空想出来的，只有新的理论，才能指导研究出新的成果。理论研究属基础性研究，没有基础理论的发展，就不可能有应用科学的发展。我们现在搞应用研究，都是用国外已有的理论作指导。我们要发展自己的基础理论，这才是最根本、最关键的。没有基础性研究，要实现跨越式发展是很难的。大的应用研究的创新，离不开基础性工作，基础和理论不行，应用是搞不好的。为此，必须特别重视和加强基础理论研究，才能使科研工作有创新的方向，才能赶上国际先进水平，否则只能永远落后。