侯祥麟曾多次提出重视创新的问题，侯祥麟认为，创新不是单靠行政命令就能奏效的，重要的是营造一个有利于创新的环境。他提倡投入少量的钱支持有前途的青年研究人员自选科研题目。侯祥麟要求不审查他们的项目，因为重大创新一开始往往不被人所理解，也不易通过，并且失败的可能性也大。他说，科学研究的发明和发现，一搞就成功的可能性很小，开头一般是不成功的，需要经过不断总结经验，修正错误、调整方向，才有可能取得成功。要想出创新成果，就要有胆量，要冒很大的风险。怕失败，就出不来创新，科学研究要允许假设。