093A在艇体外型上有所修改，其指挥台围壳前缘采用了和039B型常规潜艇类似的流线型设计，对降低高速航行时的水下阻力和噪音有帮助。其舷侧阵声呐的阵列数量和外形也有改变。进一步强化了潜艇的态势感知能力，随着039A/B系列先进常规潜艇的发展，其配套成果也开始被应用到093A上。