除了9M96系列之外，S-400同样可以兼容使用48N6E系列导弹，包括最新改进型48N6E3。虽然其尺寸没有太大变化，但由于使用了性能更好的发动机，其最大射程进一步延伸到250km，可以拦截60km外弹头再入速度达14-15马赫的中程弹道导弹。未来它将和红旗-9系列组成空军大气层内反导体系。