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1954年，海军总医院建院初期耳鼻咽喉科只有几个人、几张病床，在各种医疗设备短缺和落后的情况下，汪磊主任带领全科同志，艰苦奋斗，自己动手，制作了大量医疗教学标本和专科检查设备。根据海军医疗保障特色和要求，开展了舰艇噪声所致听力下降的防护研究，科室医教研水平不断提高，逐步跨入国内先进行列，1979年被总后批准为全军耳鼻咽喉科中心，也是全军首批医疗专科中心之一。中心下设耳科学、鼻科学、咽喉头颈外科、颌面外科四个临床亚科，设有临床听力实验室、睡眠呼吸监测室，前庭功能检查室、内窥镜检查室、鼻呼吸功能实验室、嗓音分析实验室、激光手术室及基础研究实验室。
中心的创始人汪磊教授，以及裴宏恩、周约翰、程湘源等老一辈专家以执着、无私的奉献精神，为海军总医院耳鼻咽喉科的建设、为军队耳鼻咽喉科学的发展做出了巨大贡献。第二任科主任孙建军教授继承老一辈的优良传统，在此基础上开拓创新，以他敢为人先的勇气，抓住历史机遇，全面推动医、教、研建设与学科发展，为海军总医院耳鼻咽喉学科的可持续发展与水平的提升做出了突出贡献。
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中心以全面建设一流专科中心为目标，以临床医学与海军军事医学为引导，积极拓展耳鼻咽喉头颈外科的专业发展空间。1999年，在国内和军内较早实施了三级学科建设，形成了自己的特色，临床医学整体水平与综合实力显著提升，治疗及科研已达到国内先进水平。
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特色1：耳显微外科及耳神经外科技术
耳聋与眩晕的显微外科治疗是耳鼻咽喉科中心传统优势项目。2000年开展了极重度聋多导人工耳蜗植入、改良IBM手术、分期鼓室成型手术，血管化筋膜瓣移植术、选择性迷路化学切除等新业务等。自行设计并与清华大学合作研发了纳米生物陶瓷人工听骨系列，并在临床推广应用。2004年，在国内首先开展了“半植入式微管-经圆窗控释给药术”治疗梅尼埃病、突发性耳聋的研究，取得了良好的近期效果。
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特色2：鼻内窥镜外科及其延伸技术
1994年以来，耳鼻咽喉科中心在国内较早开展了以鼻腔鼻窦疾病为主的功能性手术，也是军内最早开展的单位之一。应用电视内镜、切割/吸引动力系统等微创技术，共完成10000余例。1999年开展鼻眼、鼻颅底相关手术，至今已超过1500余例。鼻窦炎、鼻息肉治愈好转率达95% ，治疗效果达到了国内领先水平。
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特色3：咽喉、头颈肿瘤、颌面外科
耳鼻咽喉科中心在国内较早开展各种中晚期喉癌、下咽癌手术。各种喉部分切除术及发音功能重建术的开展，提高了晚期喉癌患者的生存质量。应用各种带皮瓣或肌皮瓣修复头颈部、颌面部缺损，特别是2004年开展的带血管蒂的游离皮瓣修复头颈部缺损标志着头颈缺损的修复技术达到国内先进行列。2000年，颌面外科并入我科，之后开展了涎腺肿瘤切除等各种颌面外科手术。
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特色4：睡眠呼吸暂停低通气综合征（OSAHS）诊断与治疗
1998年，耳鼻咽喉科中心系统开展了多参数睡眠呼吸监测（PSG）诊断与综合治疗，应用脉冲激光手术、经鼻无创机械通气、等离子射频减容等项新技术治疗患者5000余例（次），2000年对腭咽成形术进行改良并形成自己特色的改良腭帆成型术，为睡眠呼吸暂停低通气综合征病人提供了最先进、最系统的诊断及个体化的治疗手段。
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特色5：耳鼻喉显微激光与微创技术
医院投入资金300余万元，完善微创外科设备，1998年引进了国内第一台多模超脉冲C02激光系统，以此为平台结合低温等离子射频系统、多功能咽喉支撑窥镜及手术器械、微创切割/吸引系统等先进手段，相继开展了耳、鼻、鼻咽血管瘤激光切除、激光镫骨底板开窗、激光鼻腔泪囊吻合、激光辅助腭帆成形术、治疗喉良恶性病变激光喉显微外科手术等40多种耳鼻咽喉微创手术1000多例。举办激光外科学习班3期，拓展了激光的应用范围，提升了国内专科激光外科应用水平。
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特色6：颅底外科
1998年，耳鼻咽喉科中心开展了颅面联合进路前颅底肿瘤切除术，之后相继开展了岩部、前颅底、侧颅底、桥小脑角、颞下窝肿瘤切除、脑脊液耳鼻漏修复等颅底外科手术。应用新材料与新技术重建颅底以及外伤后颅面畸形的整复，在该领域取得了长足进步。
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特色7：术中颅神经的实时监护
1998年起在先天性小耳畸形、腮腺切除、听神经瘤切除、颈静脉孔区域手术中开展了面神经的实时监护，获得满意效果。2001年在国内首先开展了甲状腺术中喉返神经的实时监护，术中喉返神经功能保存率达到98%。建立了规范的刺激强度、时程参数与评判标准。 此外，我们还对颅面、颈部手术中的副神经、舌下神经等运动神经进行了监测。该技术为提高颞骨外科、头颈外科及颅底外科手术的安全性，降低并发症提供了可靠的保障。
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特色8：咽喉反流性疾病的诊断和治疗
2000年起耳鼻咽喉科中心开始进行咽喉反流性疾病的相关研究，应用内窥镜影像技术和流行病学方法，开展临床诊断与治疗，实施了喉接触性肉芽肿、慢性喉炎等相关疾病的综合治疗，取得了较好的疗效，发表相关综述和论著5篇，在国内处于领先地位。
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建科以来，海军总医院耳鼻咽喉科中心密切结合海军部队的实际，开展海军军事医学研究。先后进行了舰艇机舱稳态噪声、潜水耳气压伤与减压病、耳毒性药物、前庭机能、临床听觉生理、外周听觉系统损伤与修复等系列课题的研究。与国内多家科研院所及著名大学建立了稳定的科研合作关系，与军事医学科学院，中国科学院，中国医学科学院，清华大学，同济医科大学，首都医科大学等密切合作，涉及生物材料、组织工程、仪器研发、新药研发等前沿领域。与美国House耳科研究所、美国海军圣地亚哥医学中心听觉与空间定向研究所建立了学术与人员交流关系。
“十五、十一五”期间承担了国家科技部重点课题，自然科学基金，首都医学发展基金，军队课题，北京市重点项目分课题等科研项目，共获资助200余万元。主要科研方向涉及：神经营养因子在听神经潜艇噪声损害防治中的作用；海战听觉冲击伤的特点及防护救治研究；阻塞性呼吸睡眠暂停低通气综合征的诊断与治疗研究；耳鼻喉的组织工程学构筑与修复的研究；潜水耳气压伤及内耳减压病的研究；喉癌的免疫基因治疗；新型缓释剂与跨屏障内耳局部给药物的研究；人鼻腔粘膜血管内皮细胞培养研究，中耳传音结构组织工程学研究。
临床医学和基础医学研究取得了丰硕的成果，自建科以来主编、主译专著和音像出版物5部，参编专著40部。在国内外刊物发表论文300余篇，其中在中华系列杂志发表120篇，近年在国外著名期刊《ActaOtolaryngica 》等杂志发表5篇。获得各种奖项56项，其中获国家科技进步三等奖1项，全军科技进步和医疗成果二等奖4项，全军科技进步和医疗成果三等奖40余项。
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先进的医学技术离不开现代化的医疗设备，一流的技术队伍少不了优秀的专业人才，科室领导始终将人才培养与梯队建设列为长期的战略任务。中心先后派出16人次到美国、德国、意大利、奥地利、澳大利亚、香港等国家和地区进行讲学、参观和学习，开阔了眼界，拓展了知识面。在两代科主任的带领下，通过在职培训、国内外进修与研究生培养三种途径，逐步形成一支年龄结构合理，梯次衔接紧密，综合素质较高的专业技术队伍。
中心现有医生15名，主任医师3名，副主任医师5人，技师系列人员4名，护士系列人员21 名，其中博士后2名，博士5名、硕士6名。逐步形成了医师系列研究生化、高职系列研究生导师化。这些技术骨干在在全国及全军学术机构任职25人（次），在北京市及海军专业学术团体任职 4人（次）；在全国12种专业期刊（其中8种为国家统计源刊物）任副主编、编委或特约编审、通讯编委5人。
近年来，中心主任孙建军主持的《稳态军事噪声对外周听觉神经系统的影响与防护研究》获2005年全军科技进步二等奖，《慢性中耳感染的外科治疗》获2008年全军医疗成果二等奖。孙建军主任共获得各级科研奖励14项，其中全军科技进步二等奖3项、三等奖8项、全军医疗成果奖3项。在国家级统计源与核心期刊撰写、发表学术论文50余篇，主编出版国内第一套电子版《耳鼻咽喉一头颈外科手术全集》，主译《耳外科学》，作为副主编参编《实用耳鼻喉科学》、《内耳病》、《面神经疾病》、《舰艇军医》等7部专著。
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