针对质疑，中科院成立了调查组，展开了调查。
上述举报人称，他原本是中科院调查组寻访到介绍情况的人选，他也准备如实讲述他所掌握的情况。但当时单位出于铁道部的压力，要求他赶紧买机票，离开北京。
院士们说，最终，中科院采取了“组织”对“组织”的方式，要求铁道部进行调查。铁道部声称，学术成果的确是张曙光的，“态度很肯定”。
卢强说，既然铁道部这么说，我们又没有别的依据，“那我就只能选择相信铁道部调查结果”。
不过，调查结果的公布，并没有完全打消院士们的疑虑，多名院士依旧对“著作”是否为张曙光所写存疑。
多名院士称，也有院士在评审会上力挺张曙光。
有院士回忆，西南交通大学教授、两院院士沈志云就在会议上说，张曙光不仅狠抓高铁的技术，也非常重视理论方面的研究。
事实上，张曙光的“专著”《铁路高速列车应用基础理论与工程技术》中，就有机车车辆动力学专家沈志云院士做的序。他在序中这样写道：“张曙光同志长期从事中国机车车辆的理论研究、技术创新和工程管理工作，不同岗位的历练使得他不仅洞悉世界高铁技术发展的技术前沿，而且深入了解中国铁路和机车车辆装备业的实际情况。”
熟悉院士评选工作的人士都知道，由于不同学科领域的壁垒，即使在同一个学部，院士们仍然有“隔行如隔山”之感，在同一个领域的只有十几个甚至几个人。因此，一些资深的、有话语权的院士，具有不小的主导权。如果由他们来介绍甚至力荐候选人，效果会比较明显。
但“力挺”，并没能说服技术科学部里大部分院士。结果出来，张曙光以7票之差败北。
院士评选两年一次。2009年，张曙光卷土重来，势头更猛。上一次，他的代表性重大工程是动车，这次，他的工程成果则为高铁。
2008年奥运会前夕，京津高铁正式运营以前，张曙光再次邀请院士们乘坐京津高铁。从高铁上下来，不少院士很兴奋：“感觉刚上车就到了，真快呀。”
这次评审中，张曙光的“学术成果”又增加了厚厚的两大本，即《京津城际高速铁路系统调试技术》和《CTCS-3级列控系统总体技术方案》。不过这一次，他汲取了教训，注明是“主编”而非“著”。
一些原本心存疑窦的院士，这次心若烛照了：“一个人怎么可能又在一年的时间内做出那么厚两大本学术著作？根本就是不可能的。”
华中科技大学教授、中国科学院院士程时杰告诉中国青年报记者，这一次，针对张曙光的资格问题又引起院士们的争论。但有院士提出，既然上次已经讨论过了，这次就不要再为这个问题纠结了。
2009年11月，院士大会在北京召开。这一次，沈志云院士因年届八旬，按院士章程，被授予中国科学院资深院士称号，不再参加对院士候选人的推荐和选举工作。
王宇告诉记者，会议上有位院士提出，张曙光在参评院士期间，是西南交通大学的在职博士研究生，导师为沈志云。记者向这位院士作求证，但他不愿再作评论。
这一信息引起了极大反响，有院士认为此事荒谬：“他连在职的博士都没有毕业，怎么能当选为院士呢？”
但也有院士不以为然，卢强就认为，在职博士研究生不影响院士评选。“没有说院士非得是博士毕业呀？我不也是博士没读就当上院士了吗？我们那时候哪有博士啊？”
有院士质疑：“中国高铁不是从国外引进的吗？到底有无创新？创新有多大？”
也有院士认为，不论中国高铁是不是从国外引进，但速度要比日本、德国的快，这说明中国高铁还是有创新的，“引进消化再创新也是创新嘛！”
有院士回忆，正当院士们为张曙光的院士资格争论不休时，评审会议的主席说，讨论到此为止，请各位院士根据自己的认识投票。
结果，张曙光再次以一票之差落选。据庭审中的表述，他因此“特别沮丧”。
2011年，又到院士增选年。但是，这年的2月28日，他被停职审查，院士梦戛然而止。
