额济纳旗境内为北东走向的断裂凹陷盆地。地形呈扇状，总势西南高，北边低，中间呈低平状。地域大部海拔高度1200～1400米之间，相对高度50～150米之间，平均海拔1000米左右，最低900米。最低点西居延海，海拔820米。著名的酒泉卫星发射中心位于该旗，以胡杨林称著。该保护区面积39万亩，主要保护古老孓遗树种——胡杨。
这里有巴丹吉林沙漠，总面积4.7万平方公里，为我国第三世界第四大沙漠，其中西北部还有1万多平方公里的沙漠至今没有人类的足迹。新华摄影/崔林屹
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