海底隧道是整个工程的关键，工程难度超乎想象，可以说是“世界第一难”。沉管隧道的基本原理是：制作33节钢筋混凝土管节，然后把它们按顺序安装到海底，最后连成一个长管子。单个沉管长180米，宽40米，高11米，重近8万吨，相当于一艘航空母舰，沉管预制使用钢筋总量达到25万吨，建两个鸟巢体育场还有富余。
首节沉管完成后，从工厂通过庞杂的千斤顶系统顶推入坞，套入专门研发定制的沉管安放船后，在10条大马力拖轮护送下抵达对接点位，与已经浇筑在人工岛上的钢筋混凝土管节精确地对接起来。工程师对“精确”二字的表述是：接头错位不得超过3厘米，沉管的“身位”与设计误差不超过5厘米，在-40米的海底滴水不漏。就在今年11月23日21时30分，港珠澳大桥岛隧工程第六节巨型沉管E6安装告捷。
工程建设对环保的苛刻要求也前所未有。大桥经过中华白鳍豚生态保护区，承建大桥香港两个标段的中国港湾香港振华工程有限公司常务副总经理苏岩松告诉记者，为避免施工对白鳍豚造成影响，公司花费上千万港币，购买监控设备、聘请外国专家，通过观测掌握它们的生态活动规律，从而绕开其活动范围。5、6月份为白鳍豚繁殖期，为了减少噪音，钻桩全部停止作业。
港珠澳大桥造价700亿元，加上三地的配套建设，全部投资可能超过1000亿元。内地大桥一般使用寿命都是五六十年,而港珠澳大桥设计使用寿命是120年,建成后可抗八级地震。
