抗战之初，国民政府曾设想组成东南、西北、西南三个联合大学，以拯救沦陷区高校，维持战时高等教育，既有联合办学的实际考量，亦有共赴国难的象征涵义。不过，东南联大胎死腹中，西北联大先合后分，唯有西南联大苦撑三年之久，教育部乃至最高当局当然不会坐视硕果仅存的“教育合办事业”就此解体。
西南联大首当其冲要面对的就是吃饭(经费)问题……
“分校”之声再度响起
国立西南联合大学由北大、清华和南开三校组成，三校之间关系如何，将决定西南联大的命运。当年一些清华人就认为，“论设备，论经费，论师生的人数，都是清华最多，依世俗的眼光看来，这一联(合)，清华是划不来的，反面看来也可以说，清华在联大占了压倒的优势”(傅任敢语)。事实上也确实如此。由三校校长组成的常委会，大部分时间是由梅贻琦担任主席，主持日常校务。
这并非仅仅是君子之间的谦让或梅贻琦年龄最轻理应多负责任，而是一种实至名归的自然结果。南开校长张伯苓常驻重庆，参与国民参政会事务，兼理南渝中学，大学事宜委诸秘书长黄钰生教授代理，黄乃清华毕业。梅贻琦则是南开学校首批学生，对伯苓师执弟子礼，而张伯苓、张彭春昆仲又曾先后出任过清华学校教务长，两校之间有着“通家之好”的渊源关系。故而南开方面始终平静如水。
北大则不然，校长蒋梦麟的政治地位和社会声望当时均在梅贻琦之上，虽然蒋校长秉持“对联大事务不管即是管”的超然姿态，刻意维系大局，但涉及北大自身利益也不可能全然不顾。问题在于，业已习惯以“最高学府”自居的北大教授群体对联大体制下的“边缘化处境”，显然难以安之若素。蒙自分校时期，北大师生即有“独立”吁求；1940年日军侵入越南，昆明告急，政府谕令联大迁移入川，在走留之间的争执中再度响起“分校”之声。
可知联大体制最初并不牢固。
